Para sustentar esta misión el Centro Mario Molina para Estudios Estratégicos sobre Energía y Medio Ambiente ha adoptado los siguientes principios:

1. Mejorar la calidad de vida de la sociedad actual y futura a través del uso eficiente y sustentable de la energía. El Centro Mario Molina busca estrategias que permitan un desarrollo económico en armonía con el ambiente. Con respecto al medio ambiente, se privilegia la búsqueda de soluciones en las que todos ganen, donde no se hipoteque el futuro al adoptar medidas en función de problemas inmediatos o de grupos de interés específicos.
   
   
2. Generación de un espacio neutral con visión de largo plazo que facilite la generación de consensos. El Centro Mario Molina es una institución sin fines de lucro, independiente y no partidista; ofrece un foro neutral de análisis y discusión de los problemas ambientales y de la energía del más alto nivel para la libre discusión de propuestas y alternativas. En la búsqueda de consenso, el Centro Mario Molina tiene como referencia las implicaciones de mediano y largo plazo, armonizando las soluciones locales con las globales y las del corto con las de largo plazo y aplica metodologías de resolución de conflictos. Una perspectiva amplia y objetiva facilita dirimir los desacuerdos que resultan de visiones particulares y de corto plazo.
   
   
3. Identificación de los temas esenciales y críticos en la interacción entre la energía y el medio ambiente. Dentro de la amplia y compleja problemática que genera la interfase entre la energía y el medio ambiente, existen temas esenciales que pueden modificar el futuro de amplios sectores y regiones. El Centro Mario Molina centra sus esfuerzos y recursos en la identificación, análisis y búsqueda de opciones en relación a estos temas, contribuye a la integración de un inventario de problemas clave que tiene el país con la finalidad de proponer las mejores soluciones y de establecer prioridades en las medidas a adoptar.
   
   
4. Uso de conocimiento de frontera en todas las ciencias para plantear, evaluar e impulsar decisiones. En temas esenciales de energía y medio ambiente, como la emisión de gases de efecto invernadero o que afectan la calidad del aire de las ciudades, es necesario comprender las consecuencias que pueden tener diferentes medidas y soluciones a mediano y largo plazo. Por ello el Centro Mario Molina estudia los problemas de forma objetiva, imparcial e independiente, con un enfoque integral, multidisciplinario e internacional, porque la complejidad de estos fenómenos y la magnitud potencial de su impacto hacen necesario el acudir al conocimiento de frontera, en las ciencias físicas, biológicas y sociales así como a los avances tecnológicos más recientes. Convoca y cuenta con la colaboración de mejores expertos en los temas que analiza, los problemas que resuelve y los eventos, talleres y cursos que realiza.
   
   
5. Formación de una red que fortalezca y dé continuidad a medidas y programas esenciales en energía y medio ambiente. El Centro Mario Molina promueve la integración y permanencia de una red de personas y organizaciones en el medio académico, industrial, gobierno y sociedad en general, que apoye la generación, instrumentación y continuidad de medidas y programas esenciales. Busca la colaboración y fortalecimiento de los programas de formación de recursos humanos e investigación de las universidades y centros de investigación afines.